El 12 de mayo de 1872 Arias asumió el mando como Presidente provisorio en Candelaria, Lempira, en sustitución del general Medina. Enemigos suyos invadieron el país por Omoa y Puerto Cortés, pero los rechazó con ayuda de Guatemala y El Salvador.

También hubo levantamientos en Opoteca y otros lugares. Ponciano Leiva convenció al general Justo Rufino Barrios de que la paz era imposible en Honduras mientras gobernará Arias. Vino la conferencia de Chingo, y como consecuencia, los ejércitos de ambos estados invadieron a Honduras y , después de heroica resistencia, Arias se rindió en Comayagua el 13 de enero de 1874.